Gartner kam 2013 vom österreichischen Klub SV Mattersburg an den Rhein.
Die Wege von Zweitligist Fortuna Düsseldorf und Christian Gartner gehen nach vier Jahren auseinander. Der 23-jährige Mittelfeldspieler erhält keinen neuen Vertrag bei der Fortuna und wird die Rot-Weißen mit noch unbekanntem Ziel verlassen. 2013 war Gartner vom österreichischen Erstligisten SV Mattersburg in die nordrhein-westfälische Landeshauptstadt gewechselt.
Der Österreicher bestritt insgesamt 49 Pflichtspiele für Fortuna Düsseldorf und erzielte in dieser Saison zwei Tore. Mit seinem Siegtreffer zum 1:0 gegen Erzgebirge Aue feierte die Fortuna den Klassenerhalt.